Hola,
es una buena opción la que comentas de mirar el Vcenter a uno virtual y entonces actualizar la versión.
Existe mucha buena documentación de como hacer esas tareas:
VMware KB: Methods of upgrading to vCenter Server 5.1
VMware KB: Overview of upgrading or migrating from vCenter Server 4.x to vCenter Server 5.0
Saludos,
Pablo